Ve výuce budeme uplatňovat následující metody a principy (výběrově):

• integrovaná tematická výuka: propojení tematicky souvisejících předmětů v předmětových blocích je již nyní základem koncepce výuky na druhém stupni ZŠ Filipka. Díky integrování předmětů do výukových bloků lze propojovat související témata, a tak studentům předkládat celistvý pohled na danou problematiku. Větší časové plochy, které díky tomuto propojení vznikají, umožňují zařazovat pestré didaktické metody, skupinovou práci, dialogickou metodu výuky a další. Poskytují také prostor pro to, aby se výuka nárazově soustředila do hloubky na některou dílčí otázku nebo aspekt problému, a tak měla badatelský nebo dokonce vědecký charakter, což může být pro studenty velmi inspirativní zážitek. Čas bloků budeme také využívat pro exkurze na nejrůznější pracoviště (typicky některá pracoviště na MUNI) nebo do muzeí či různých vzdělávacích institucí.
• projektová výuka: studenti budou pracovat na dlouhodobých projektech vyžívajících mezipředmětových vztahů a/nebo průřezových témat. Projekty jsou chápany jako komplexní pracovní úkoly, při nichž žáci samostatně řeší určitý problém (problémový úkol, problémovou situaci). Studenti jsou tak vedeni k samostatnému zpracování určitých komplexních úkolů či řešení problémů spjatých s životní realitou a rozvíjí své osobnostní kompetence, schopnost organizovat si práci, sebeřízení a další.
• ročníkové/závěrečné maturitní práce: Studenti budou zpracovávat práce na vybraná témata, a to pod vedením členů učitelského sboru nebo pod vedením externích odborníků.
• metody kritického myšlení: rozvíjení schopnosti kriticky myslet a zaujímat argumentačně podložená stanoviska považujeme za jeden z primárních úkolů školy. Budeme využívat např. metody programu Čtením a psaním ke kritickému myšlení (RWCT), které zároveň rozvíjí čtenářskou a pisatelskou gramotnost.
• CLIL: Již nyní na Filipce částečně realizujeme a na úrovni gymnázia hodláme prvky metodoy CLIL - integrovanou výuku vybraných odborných témat v cizím jazyce.
• skupinová práce je osvědčený princip, umožňující během výuky budovat ve studentech také potřebné kompetence: komunikační, sociální a personální, kompetence k učení i k řešení problémů a další.
• vrstevnické učení – stejně jako v základní škole Filipka, i na nově vzniklém gymnáziu chceme využívat prvky vrstevnického učení a tzv. peer programy, jejich součástí je aktivní zapojení vrstevníků, kteří tak pozitivně působí na formování postojů ostatních studentů, svých spolužáků, kamarádů. 
• výuka mimo školu – jde opět o osvědčenou metodu, umožňující propojení školy životem a významné obohacení školou předávaných obsahů. Prakticky jde o časté pobyty v přírodě, kulturní exkurze a výlety, návštěvy odborných pracovišť ale také studijní cesty do zahraničí a další.
• spolupráce s pamětníky, metoda Facing history – ve výuce dějepisných témat, ale také ve výuce témat etických a občansko-výchovných budeme spolupracovat s institucemi, které se zabývají uchováváním orální historie a zprostředkovávají kontakt s pamětníky, jako je např. Pamět národa a Schola fidentiae. Tuto cestu vzdělávání mladých lidí prostřednictvím mezigeneračního dialogu považujeme za velmi účinnou metodu, která umožňuje studentům lépe porozumět komplikovaným událostem a obdobím moderních dějin a důrazem na etický rozměr vzdělávání v nich podporuje připravenost stát se angažovanými v současnosti.
• formativní hodnocení – stejně jako na základní škole budeme hodnotit práci studentů přednostně formativním hodnocením. Tato metoda zahrnuje práci s krátkodobými i dlouhodobými cíli, se kterými jsou studenti dopředu seznámeni a jejich pokrok hodnotí jednak učitel, jednak svůj pokrok hodnotí studenti sami. Učí se analyzovat příčiny neúspěchu nebo pomalého pokroku a společně s učitelem hledají cestu k dosažení cílů.